Ban đầu, khu vực này thuộc quản lý của huyện Bang Bua Thong. Ngày 1 tháng 1 năm 1948, 4 tambon đã được tách ra để lập tiểu huyện mới (king amphoe) Sai Noi. Ngày 6 tháng 6 năm 1956, tiểu huyện được nâng thành huyện.

Năm 1971, tambon Khun Si được chuyển từ huyện Bang Len (Nakhon Pathom) sang Si Noi.

Năm 1979, phía nam của tambon Rat Niyom lập thành tambon Khlong Khwang. Năm sau, phần phía nam của tambon Sai Noi được tách ra để lập tambon Thawi Watthana.